Fabian von Lisberg, der letzte auf den alle Güter gefallen waren, verkaufte Lisberg 1511 an Konrad von Giech. Er war es, der nach dem Bauernkrieg, in dem Lisberg zwar verschont blieb, die Burg in standsetzen ließ, neue Umfassungsmauern aufbaute und das vordere Torhaus im Jahre 1530 errichten ließ. Die Trabelsdorfer Güter hingegen fielen an die Tochter des Fabians von Lisberg, die mit dem würzburgerischen Domherrn Lorenz von Münster verheiratet war. Diese Familie erwarb später einen Anteil an der Burg Lisberg.

In der Reformationszeit und den im 17. Jahrhundert folgenden Religionskriegen wechselten die herschenden Familien. So führte um 1570 Eirich von Münster die evangelische Konfession in Trabelsdorf ein. Diese evangelische Linie der "Von-Münster" verkauften den Trabeldorfer Besitz an die Herren der Marschalk von Ostheim. Die Marschalk von Ostheim waren bis 1874 Besitzer des Rittergutes Trabelsdorf. Sie ließen um 1700 das baufällig gewordene Schloss abreissen und an seiner Stelle das heutige erbauen. Auch die erste erbaute Kirche war baufällig geworden. Um 1737 wurde sie abgebrochen und auf dem selben Platz errichtet. Neben der Kirche war auch der Friedhof. Heute steht auf diesem Platz die sog. "Schafsscheune". Genau 100 Jahre nach dem Erwerb der Güter errichteten die Herren Marschalk von Ostheim die protestantische Schulstiftung. Damit konnten die Trabelsdorfer Kinder ihre eigene Schule besuchen. 1782 ging die Herrschaft an die Marschalk von Ostheim auf Marisfeld. Der letzte Spross des Marisfelder Geschlechts verkaufte 1874 das Rittergut Trabelsdorf. Von nun an war das Trabelsdorfer Gut Handelsobjekt. Während der erste Nachbesitzer Kirche und Schule renovieren und den Schloßpark einzäunen ließ, holzte der nächste Besitzer einen Teil des Schlossparkes ab, errichtete ein Sägewerk und eine Imprägnieranstalt, um die auf dem Seedamm von Neuhausen herrollenden Stämme aus den eigenen Waldungen zu Telefonmasten zu verarbeiten. Das fertig gerichtete Holz wurde nach Viereth an den Main transportiert. Da man für die Imprägnierung viel Wasser brauchte, baute man eine Wasserleitung, die später in den Besitz der Gemeinde überging. Ebenso ging später die Schulstiftung auf die Gemeinde über. Zwischen 1932 und 1936 verkauften die damaligen Besitzer Gut und Schloss an die Bayerische Bauernsiedlung, der Wald kam in Besitz des Staates. Das Schloss mit dem Park erstand später die Gemeinde. Die protestantische Kirchenstiftung erhielt nach der Gutsauflösung sämtliche Trabelsdorfer Seen.

Während Trabeldorf seit 1664 von den von Ostheims geprägt wurde, war ab 1598 die Geschichte der Burg und des Dorfes Lisberg aufs Engste mit der Familie von Münster verbunden. Der erste Angehörige dieses Geschlechts war Ernst von Münster. Einer seiner Söhne Wolf Dietrich war von 1619 - 1659 Herr auf Lisberg. In dieser Zeit um 1630 wurde Franken in die Schrecken des 30-jährigen Krieges mit hineingezogen. Dabei aber war die doppelte Lehensherrschaft von Vorteil. Als Lehensmann des Marktgrafen Friedrich blieb seine Burg vor Zerstörungen durch die Schweden verschont. Umgekehrt setzten sich die Bamberger Fürstbischöfe jener Zeit bei den katholischen Heerführern dafür ein, die Besitzungen der Freiherrn von Münster zu schonen. Ein bedeutsamer Einschnitt in die Herrschaft auf Burg Lisberg erfolgte im Jahre 1707. Mit Johann Christoph von Münster starb die evangelische Linie aus, die Güter fielen an den katholischen Familienteil. Hans Eyrich von Münster war der erste Vertreter. Er regierte 1707 - 1717. Auch er wurde vom Würzburger Fürstbischof und vom Ansbacher Marktgrafen belehnt. Einer seiner Söhne, Wilhelm Johann Philipp von Münster, nach dem Tode seines Bruders alleiniger Herr auf Lisberg, begann 1726 mit der bevorzugten Förderung des katholischen Lebens. Die im 16. Jahrhundert errichtete kleine Kirche am Rande der Vorburg wurde abgerissen und eine neue, der hl. Dreifaltigkeit geweihte Kirche gebaut. Dies geschah zwischen 1729 und 1756. Diese Kirche ist heute noch der Kern des alten Gotteshauses. Aus Platzgründen wurde sie 1866 zur kreuzförmigen Pfarrkirche erweitert. Dieser Anbau wurde 1983 wieder entfernt und in Anlehnung an das historisch gewachsene Kirchengebäude 1984 eine neue, der Größe der Gemeinde entsprechende Pfarrkirche eingeweiht.

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